Pada masa remaja mereka diajari cara menggunakan senjata khusus. Melempar pisau, penyembunyian senjata, teknik tali, berenang, taktik bawah air, dan teknik menggunakan alam untuk mendapat informasai atau untuk menyembunyikan diri. Waktu mereka dihabiskan dalam ruang tertutup atau bergelantungan di pohon untuk membangun kesabaran, daya tahan, dan stamina. Terdapat pula latihan gerak tanpa suara dan lari jarak jauh. Mereka juga diajarkan teknik melompat dari pohon ke pohon atau atap ke atap.
Pada masa akir remaja ninja belajar menjadi aktor dan psikologi melalui tingkah laku mereka sendiri dan orang-orang di sekitarnya. Mereka mulai mengerti cara bekerja jiwa manusia, menggunakan kelemahan orang lain untuk keuntungan mereka. Mereka juga belajar membuat obat-obatan, mendapatkan jalan masuk rahasia ke dalam sebuah bangunan, cara memanjat dinding, melewati atap, mencuri di bawah rantai, mengikat musuh, cara kabur, dan menggambar peta, rute, petunjuk jalan, serta wajah.
Ada 17 tingkat ilmu dan seni berperang ninjutsu dari banyak keahlian yang dimiliki oleh ninja yang dapat dipelajari oleh umum pada saat ini. Selebihnya di luar keterampilan fisik dan penguasaan jiwa, para pendekar ini harus mempelajari latihan batin. Setelah menguasai level ini, ninja bisa sangat ahli dan bahkan dianggap sebagai orang bijak atau dukun, karena kemampuannya menyatu dengan alam dan siklus di sekitarnya.
